Các nhóm môn học lựa chọn
Để giúp các em học sinh có lộ trình học tập tối ưu, nhà trường xây dựng 4 nhóm tổ hợp môn học chính:
| Nhóm | Môn học lựa chọn | Chuyên đề học tập |
| Nhóm 1 | Vật lí - Hóa học - Sinh học - Tin học | Toán - Lí - Hóa |
| Nhóm 2 | Hóa học - Địa lí - GDKTPL - CNTK | Văn - Hóa - Địa |
| Nhóm 3 | Hóa học - Sinh học - GDKTPL - Âm nhạc | Toán - Hóa - Sinh |
| Nhóm 4 | Vật lí - Địa lí - GDKTPL - CNTK | Toán - Lí - Văn |
Môi trường ngoại khóa năng động
Bên cạnh chương trình học chính khóa, học sinh tại Nguyễn Trãi - Ba Đình còn có cơ hội phát triển kỹ năng toàn diện thông qua hệ thống các CLB đa dạng như:
- Công nghệ & Sáng tạo: CLB Robotis-AI.
- Nghệ thuật & Văn hóa: Art Club, Music Club, Japanese Culture Club.
- Kỹ năng & Thể thao: Debate Club, Chess Club, Football Club, Basketball Team.
- Cộng đồng: Volunteer of Nguyen Trai, Humans of Nguyen Trai.